Из опыта: Подстраиваться под поисковые системы не главное для сайта. Главное, чтоб сайт был для людей, с интересным и уникальным содержанием, и чем его (уникального текстового содержания) больше, чем выше посещаемость сайта не смотря на величину показателей PR и ИЦ.

Вообще, обо всех фильтрах наверное не известно, ведь Яндекс и Google о них не рассказывают, поэтому статья не претендует на золотую истину. Ниже представлены некоторые из известных фильтров.
Google

Too many links at once Filter
Применяется в основном к новым сайтам на которые появляется сразу много внешних ссылок. Может привести к полному «бану» сайта. Поэтому, не стоит покупать сразу сотни ссылок на биржах и регистрировать новый сайт в 1000 каталогов ссылок в один день (лучше по 300 после каждого поискового «апа»).

Google Sandbox (песочница)
Фильтр для новых сайтов. Доверия к вновь появившимся сайтам нет, поэтому по конкурентным запросам такие сайты оказываются далеко в результатах поиска. Чтобы быстрее выбраться из под влияния фильтра, необходимы внешние ссылки на сайт со старых сайтов с высокими PR.

Over Optimization Filter (Чрезмерная оптимизация)
Излишнее количество на сайте заголовков (тег H), жирного текста (теги strong, b) и повторений ключевых слов

Google -30
Этот фильтр применяется к сайтам, которые используют дорвеи и редиректы при помощи javascript. Ваш сайт понижается на 30 позиций в поисковом ранжировании. Чтобы обойти этот фильтр, как правило, достаточно убрать редирект.

Google Bombing
Фильтр накладывается, если на сайт ведет много ссылок с одинаковым описанием. Поэтому, при продвижении сайта, регистрации в каталогах ссылок, составляйте разные описания для ссылок.

Google’s Omitted Results Filter (Опущенные результаты)
Причины попадания туда в опущенные результаты - недостаток входящих ссылок, дублирующийся контент, дублирующиеся заголовки страниц и метатеги, а также слабая внутренняя перелинковка страниц.

Google Supplemental Results (Дополнительные результаты)
Страницы, которые Google считает очень схожими с уже существующими, заносит в так называемые «дополнительные результаты поиска» (Supplemental Results) и выводит их только в том случае, если основной результат поиска мал по объему.

Too many pages at once Filter
Применяется к сайтам на которых быстро увеличивается число новых страниц. Вроде как, полезного контента сразу много быть не может.

CO-citation Linking Filter (Фильтр взаимного цитирования)
На тематику сайта влияет тематика сайтов, на которые вы ссылаетесь. Т.е. если ваш сайт о мобильных телефонах, то ставить ссылки на авто сайты не желательно.

Google Duplicate Content Filter (Дублирующийся контент)
Контент перепечатанный с других сайтов, будет фильтроваться и понижаться в результатах поиска.

Google Domain name Age Filter (Возраст домена)
Чем моложе домен, на котором расположен сайт, тем меньше к нему доверия, и тем ниже находится сайт в результатах поиска.

Google’s Trust Rank Filter (Степень доверия)
Из известных факторов можно отметить возраст сайта, количество авторитетных входящих ссылок, количество исходящих ссылок, качество внутренней перелинковки.

Links.htm
Наличие на сайте страницы с названием links приводит к применению этого фильтра, так как в большинстве случаев на них базируются линкопомойки.

Link Farming Filter
Наличие на линкопомоек и не тематических каталогов ссылок может привести к «бану» сайта.

Reciprocal Link Filter
Накладывается при обнаружении участия сайта в сервисах обмена ссылками и приводит к «бану» сайта

Page Load Time Filter (большой вес страницы)
Большой вес страницы, изобилие рекламы и скриптов, долгое время загрузки могут привести к тому, что страница просто не будет индексироваться, понижаться в результатах поиска.

Яндекс

Ты последний
Наверное, самый популярный фильтр. По сути, как фильтр у Google «Дублирующийся контент».

ExceedDensityKeywords filter
Чрезмерная оптимизация страниц, слишком большая плотность ключевых слов и т.д.

LinksText
Сайты, в чьем содержимом нет поискового запроса проигрывают в результатах поиска тем сайтам, у которых либо в тайтле, либо в контенте имеется поисковой запрос, при более или менее одинаковой ссылочной базе обоих.

Непот фильтр
Это ссылочный фильтр. Накладывается как на отдельные ссылки на странице, так и на отдельные страницы сайта в целом, и даже на весь сайт.

Редирект фильтр
Применяется к дорвеям (сайтам использующим редирект) – «бан» сайта

Здесь описаны не все фильтры Яндекса, т.к. не все мне известны. Как видите, фильтры Gogle и Яндекса аналогичны.