Возможны несколько причин, по которым сайт не индексируется.
Прошло недостаточно времени с момента заполнения формы добавления сайта. Самый быстрый робот у Яндекса. Если он не загружен, то добавляемая страница появляется в результатах поиска уже через 3 часа. Большинство страниц попадают в индекс не позже, чем через неделю с момента добавления. У остальных поисковиков время обновления индекса существенно больше -- можно начинать беспокоится месяца через полтора.

В момент визита робота поисковика сайт был недоступен или имел очень большое время отклика. Если сервер "тормозит" не постоянно, то рано или поздно сайт попадёт в поисковик. Через какое время -- см. пункт 1.

Некоторые поисковики (например, Google) индексируют только те сайты, на которые есть хотя бы одна внешняя ссылка с документа, уже проиндексированного данным поисковиком.

Некорректная настройка сервера. Самая распространённая ошибка среди любителей использовать .htaccess -- в результате применения директив ErrorDocument или RewriteRule робот поисковика при обращении к robots.txt получает от сервера код отличный от 200(OK) или 404 (Not Found). Некоторых роботов (Rambler) это вводит в ступор и индексация не произойдёт до тех пор, пока не ошибка не будет исправлена. Как избежать ошибки: в случае использования ErrorDocument всегда создавать robots.txt хотя бы и пустой, в случае использования RewriteRule быть аккуратным и всегда проверять код ответа сервера.

Неправильно написанный robots.txt. При попытке запретить индексацию сервера для какого-либо робота под правило попадают и другие роботы. Как избежать ошибки? Всегда проверять правильность составления robots.txt.

Поисковик не может распознать ссылки на страницах сайта. Самый распространенный случай -- все ссылки сделаны на JavaScript или на Flash. Некоторые поисковики неадекватно понимают редиректы. Наиболее "безопасен" в этом смысле Google -- он отлично справляется как со ссылками на флэше, так и с редиректами, и лишь JS ему еще не совсем по зубам.

Сайт был забанен.

Проблемы у поисковика. Серьезные сбои редки, но случаются, и если избыточность аппаратуры оказывается недостаточной, часть индекса теряется. Кроме того, проблемы могут быть связаны с кластерной структурой поисковика.

Использование динамических страниц. Это будет раскрыто в отдельном пункте FAQ, а пока можно заметить, что динамические страницы индексируются нормально далеко не всеми поисковиками. Почему? Динамика несет два вида проблем. Первая -- дублирование информации. Если для сайта URL вида .../page.php?par1=x&par2=y означает, как правило, то же, что и .../page.php?par2=y&par1=x, то для поисковика это совсем другая страница. Особенно часто эта проблема возникает при отслеживании сессий посетителей -- роботы поисковиков не используют cookies, и потому URL для них каждый раз меняется. Вторая проблема -- робот может легко перегрузить сайт, который формирует страницы динамически.

Сайт находится в неиндексируемой зоне. У каждого поисковика есть своя "область действия", например, Яндекс и Рамблер охватывают русскоязычную часть интернета. Поэтому, если сайт не входит в соответствующие доменные зоны (например, su, ru, am, az, by, ge, kg, kz, md, tj, ua, uz для Яндекса; ru, su, ua, by, kz, kg, uz, ge для Рамблера), то автоматическая индексация может не пройти. В таком случае необходимо написать письмо в службу поддержки поисковика с просьбой о включении сайта в индекс.
Многие крупные поисковики чураются бесплатных хостингов с сотнями тысяч сайтов, равно как и редиректных служб (таких, как da.ru) и если ваша страница расположена на одном из подобных хостингов, индексации можно ждать вечно.