Как мы уже сообщали, разработчики Ninja Gaiden 3 хотят облегчить жизнь новичкам, сделав игру более доступной. Так как предыдущие две части во многом стали известны именно благодаря своей умопомрачительной сложности, игру не стали упрощать в плане геймплея или управления, но в казуальном режиме (и только в нем) Рю сам будет уклоняться и защищаться от атак врагов.

Еще одной особенностью третьей части станет более живое и эмоциональное поведение врагов. Теперь это не бездушные болванчики, толпами отдающие жизнь во имя неизвестно кого. Некоторые из них перед смертью будут даже умолять игрока сохранить им жизнь. В показанной журналистам демоверсии был момент, когда Рю, главный герой игры, медленно приближается к своей жертве, а та пытается разжалобить героя речами о семье, детях и том проклятом дне, когда он решил стать агентом секретной службы.

В Ninja Gaiden 3 разработчики хотят снять маску с главного героя — не только в прямом, но и переносном смысле: раскрыть его внутренний мир, и показать, что это не просто хладнокровный мститель, каким он был в предыдущих частях игры. «Маска Рю является метафорой. Когда он снимает ее, он раскрывает свою человеческую сущность и свои чувства. Когда он надевает маску — он снова становится убийцей», — говорит глава студии Team Ninja Ёсуке Хаяси.